军事调查报告的正文结构一般分为三部分。
（1）开头。
概括简要说明调查的目的、对象和经过；也可说明时间、范围、方式、方法和结果；还可说明简要情况，提示一下全文主要内容。
（2）主体。
核心部分，具体说明调查内容。可按照调查的顺序过程逐一叙述情况；也可按某一单位或某一事件发生、发展、变化的过程来写；还可采用对比方法，将两种不同事物、不同对象、不同思想和作法、结果通过对比分析说明行文；如果内容较复杂，也可根据内容特点，拟制标题，分为几个部分行文，但必须突出中心和重点。
（3）结语。
即调查报告的结束语。主要是补充主体内容，可深化主题，帮助人们提高认识；可总结全文，深化文意；可指出努力方向，激励人们前进。